In Ägypten wurde Thymian zum Einbalsamieren verwendet. Die alten Römer und Griechen verbrannten ihn als Weihrauch. Für sie war er ein Zeichen der Kraft und sollte Körper und Geist stärken. So war er in allen Fällen ein wichtiger spiritueller Bestandteil der Kultur. Doch erst im Mittelalter wurde er Bestandteil der weltlichen Heilpraktik. Die Blätter der Pflanze wurden aufgrund ihrer Wirkung auf Lunge und Bronchien verwendet.

Die enthaltenen ätherischen Öle Thymol und Carvacrol, gemeinsam mit anderen Inhaltsstoffen wie Rosmarinsäure, bringen eine hervorragende Wirkung auf die Atemorgane in die Pflanze. So hilft ein Kräutertee mit Thymian bei Anzeichen von Bronchitis, Katarrhen der oberen Atemwege und Keuchhusten. Auch bei grippalen Infekten, die meistens mit Husten einhergehen, bringt er Besserung. Da Thymian auch krampflösend wirkt, kann man mit ihm Hustenkrämpfen vorbeugen. Zusätzlich wirken seine Blätter verdauungsfördernd, was die Gesamtbefindlichkeit verbessert und das Wohlbefinden steigert. Nicht zuletzt deshalb wird er außer in der Heilkunde auch so gerne in der Küche verwendet.